Cuando tenemos una memoria USB (pen drive) conectado al equipo antes de retirarlo debemos terminar todas las operaciones que lo involucran.
Es decir, hay que cerrar todas las ventanas, terminar de copiar archivos, de guardarlos, etc.
Una vez terminadas las operaciones con la memoria USB vamos al escritorio y hacemos doble clic en el icono de nuestra memoria.
Seleccionamor Desmontar unidad ... nombre de la unidad
La unidad debería de desmontarse a menos que haya algún proceso accediendo a ella. Si este es el caso cerramos todos los programas y/o ventanas y problamos de nuevo.
Es posible que el nombre de la opción cambie un poco de una versión a otra de Ubuntu.
Podemos encontrar la opción como Extraer unidad de forma segura, etc.
También podemos desmontar la unidad desde un terminal. Esta tarea se realiza de la misma forma para todas las unidades extraíbles (discos duros, memorias USB, etc).
Si la unidad es flash podemos ejecutar: sudo umount /dev/sdb1 (sabremos el número sdbX asignado mirando en Equipo aunque si solo hay una unidad montada le corresponderá sdb1)
También podemos probar con sudo umount /media/nombre_de_tu_dispositivo o sudo eject /dev/sdb1
Es posible que se dé el caso de no poder desmontar una unidad desde el Escritorio. En este caso es útil saber hacerlo desde terminal.