En Ubuntu existen los archivos ".deb" que tienen el mismo funcionamiento que el ".exe" en Windows, es decir, le das doble clic y comienza a instalar.
Otra forma es por el "Centro de Software", si utilizas Ubuntu 11.04 en adelante, tendrás un Ãcono en la barra lateral izquierda para acceder al centro de software, si utilizas una versión anterior debes hacer clic en: Aplicaciones -> Centro de software de Ubuntu
Buscas el programa que desees y haces clic en "Instalar".